故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。
　　让兔人们没有想到的是，遥大地竟然就是他们要找的光明魔动战士，通过魔法阵，遥大地召唤出了地之魔动王。之后，召唤出风之魔动王的山本加斯（松田辰也 配音），召唤出水之魔动王的玛利乌斯（安达忍 配音）等人纷纷登场，一行人来到了圣地路那，准备在那里展开一段惊心动魄的奇幻旅程。

　奇幻世界左开山（创界山）众神云集，山分为七层，然罪恶之神多古达统治了这个世界后，其邪恶部众把守左开山各层要地。黑暗降临，连美丽的彩虹也变成了灰色。四年级小学生战部渡（瓦塔诺）在神明的召唤下进入奇幻世界，他操纵着龙神丸与虎王、剑部施巴拉古大师以及忍部火美子（希米格）等好友为恢复左开山的光明，与多古达的暗黑军团展开一连串激烈的战斗。

从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的「地球防卫组织」成立。第二天，嘉克帝国的机器人废气邪恶兽·艾提索斯出现。这时，学生们手中的雷神金属闪耀出光芒，当白鸟玛丽亚将雷神金属放到课桌上时，教室变成了司令部。三位学生日向仁、月城飞鸟和星山吼儿成为了剑王、凤凰和兽王的驾驶员，出击迎战“嘉克帝国”的邪恶兽。在战斗中，小岛勉发现三台机器人可以合体，三人最后合体成雷神王，成功地打倒了邪恶兽。就这样，小学生组成的「地球防卫组织」和邪恶的嘉克帝国的战斗开始了……